Anne De Paepe studeerde af als dokter in genees-heel en verloskunde aan de UGent. Ze specialiseerde in inwendige geneeskunde en doorliep nadien een opleiding in Humane Genetica in het MRC, Northwick Park Hospital te London. Ze was verbonden aan het Centrum Medische Genetica van het UZ Gent, waar ze een polikliniek en een onderzoekslaboratorium oprichtte voor haar wetenschappelijk werk over erfelijke bindweefselziekten. Ze behaalde het doctoraat in de medische wetenschappen en het diploma van ‘geaggregeerde van het hoger onderwijs in de humane en medische genetica‘ aan de UGent.
In 1993 werd ze (het eerste) diensthoofd van het Centrum voor Medische Genetica van UZ/UGent en Hoofddocent aan de UGent en later de eerste voltijds hoogleraar in de medische genetica aan de UGent. In 1999 werd ze het eerste vrouwelijk lid van de Koninklijke Academie voor Geneeskunde.
Anne was ook actief in heel wat advies- en bestuursfuncties binnen haar universiteit en het universitair ziekenhuis, o.m. als vice-decaan in de faculteit geneeskunde, lid van de Onderzoeksraad van de UGent en als lid of voorzitter van talrijke nationale en internationale commissies en adviesraden.
In 2013 werd ze de eerste vrouwelijke rector van de Universiteit Gent. Ze is tot op heden o.m. voorzitter van de Associatie UGent, voorzitter van de RvB van het ziekenhuisnetwerk MIRA, voorzitter van het Pensioenfonds UZ Gent en voorzitter van de academische coordinatieraad UZ/UGent.
Gedurende haar professionele loopbaan heeft Anne zich ook steeds ingezet voor caritatieve initiatieven (o.m TAJO – Talent Atelier voor Jongeren), en voor maatschappelijke dienstverlening via diverse adviesfuncties zoals in de Koning Boudewijnstichting, de GSKE, de Prinses Liliane Stichting en als lid van de RvB van het Fonds Inbev-Baillet-Latour en van de VGP Foundation.
