Als internationale onderwijs- en wetenschapsorganisatie zet Unesco zich ook in voor de bevordering van universitaire samenwerking en de opbouw van wetenschappelijke expertise, zeker op vlak van onderwerpen waarop Unesco actief aan werkt. Hiervoor is het UNITWIN/UNESCO Chairs Programme opgezet, waarbij er ook acht Unesco-leerstoelen in Vlaanderen actief zijn.